A cidade de Franco da Rocha tem sua primeira documentação histórica datada em 1627, época em que o rei de Portugal oferecia sesmarias (que eram doações de terras com a obrigação de cultivo dentro de três anos, sob a pena de revogação) aos interessados em cultivar a área. Na época, o benefício foi concedido ao senhor Amador Bueno da Ribeira, para que cuidasse dos Campos do Juquery.

Franco até o século XIX, era uma região que servia de caminho para os bandeirantes ou todos aqueles que se dirigiam ao Estado de Minas Gerais. Nessa época, tratava-se de um lugarejo, que era conhecido pelos tropeiros, como Parada do Feijão, onde a topa que transportavam gados e mercadorias faziam suas refeições.

Onde hoje se encontra o município, nada mais eram que grandes fazendas. No ano de 1807, surgem as primeiras escrituras, como do sítio Borda da Mata, que em 1866 foi vendido para a Estrada de Ferro São Paulo Railway, juntamente a fazenda Belém e Cachoeira, onde anos depois a cidade começaria a mudar de ares, com a inauguração da estação de trens.

A estação do Juquery foi fundada em 1º de fevereiro de 1888. E nesse mesmo ano, chegou na cidade o italiano Filoteo Beneducci que tinha a intenção de descobrir ouro em grande escala no lugar, conhecido na época como Pedreira, atualmente a Quarta Colônia. Como no local não existia a quantidade esperada pelo imigrante que resolveu se dedicar à extração de pedras enviadas para a cidade de São Paulo pela Estrada de Ferro recém-inaugurada. Essa extração é tida como a primeira atividade industrial de Franco da Rocha.

O desenvolvimento da cidade prosseguiu com um fato marcante, que mudaria para sempre a vida no município com a instalação do Hospital Psiquiátrico no Juquery. Sua construção, em uma área de 150 hectares começa em 1885, com o projeto do arquiteto Ramos de Azevedo, denominada Colônia Agrícola do Juquery, para suprir a demanda de pacientes mentais, já que os locais que atendiam os doentes mentais de todo Estado de São Paulo – Hospital de Alienados, na capital e em Sorocaba e a Chácara Ladeira do Tabatinguera não tinham mais condições de receber pacientes e o número aumentava a cada dia. Inaugurado com capacidade inicial de 800 leitos, o Hospital ocupava um terreno à margem da linha férrea, próximo à estação Juquery. Com o passar dos anos as terras da Quarta Colônia, as fazendas Cresciúma e Velha foram incorporadas ao patrimônio do Hospital. Na Quarta Colônia, aliás, foi instalada a usina elétrica do hospital, que durante anos forneceu energia também para a estação Juquery e todo o povoado.

Com o falecimento do sr. Frederico Alvarenga, em 1896, o Doutor Francisco Franco da Rocha, a serviço do Governo do Estado, foi designado para administrar o maior Hospital Psiquiátrico da Brasil e da América Latina.

A religiosidade também esteve sempre presente na cidade. No ano de 1908, foi iniciada a construção da Igreja Matriz, em louvor a Nossa Senhora da Conceição, que se tornou a Padroeira do Município.

A primeira escola primária de Franco da Rocha ficava em um local muito castigado pelas enchentes e em 1909, a escolinha Rural Masculina passou a funcionar onde hoje é a Rua Azevedo Soares e ficou sob a tutela do professor Ernesto Alves de Oliveira. Entre outras escolas tradicionais em Franco da Rocha estão o Grupo Escolar de Franco da Rocha, atual E.E. Professor Domingos Cambiaghi, homenagem ao diretor de mesmo nome. O Grupo Escolar Azevedo Soares foi inaugurado em 1950 e o Ginásio Estadual Benedito Fagundes, O BEFAMA, foi criado no dia 15 de maio de 1952.

Franco da Rocha foi elevado a distrito do município de Mairiporã, em 21 de setembro de 1934, e em 30 de novembro de 1944, Franco da Rocha tornou-se uma cidade autônoma.

Estação do Juquery: Inaugurada em 1888, a antiga estação de trens de Franco da Rocha, que faz parte da primeira linha ferroviária paulista, a antiga São Paulo Railway, e tem como característica o padrão inglês de construções ferroviárias é um patrimônio público tombado pelo CONDEPHAAT (Conselho de Defesa do Patrimônio Histórico, Arqueológico, Artístico e Turístico), no ano de 2011. Após a inauguração da nova estação de trens a construção continuará embelezando o centro da cidade como um bem cultural histórico, turístico, paisagístico e arquitetônico.

Parque Estadual do Juquery: O Parque Estadual do Juquery foi criado em junho de 1993 através do Decreto nº 36.859, em razão da necessidade de conservação de importantes remanescentes de vegetação nativa existentes na Fazenda Juquery, bem como a importante função de preservar as áreas de Mananciais do Sistema Cantareira.

O local recebe esse nome devido a grande ocorrência de uma planta que os índios encontravam as margens dos rios da região, a qual chamavam de yu-kery, dessa planta os índios extraiam sal que servia como condimento para temperar os alimentos. Também conhecida como Dorme Maria, a yu-kery ao ser tocada fecha suas folhas abrindo-as novamente após algum tempo.

Em 1989 todo o conjunto arquitetônico, projetado pelo arquiteto Ramos de Azevedo, o acervo documental e a área verde da fazenda foram tombados pelo CONDEPHAAT- Conselho de Defesa do Patrimônio Histórico, Arqueológico, Artístico e Turístico do Estado de São Paulo.

Represa Paiva Castro: A represa faz parte do Sistema Cantareira, conjunto de represas que é responsável por abastecer cerca de 60% da população da região metropolitana de São Paulo possui também lindas paisagens por toda sua extensão. O local já foi muito usado para a prática de esportes náuticos e pesca.

Complexo Hospitalar do Juquery: Inaugurado em 1898 como colônia agrícola, o Hospital Psiquiátrico do Juquery foi referência no tratamento de doenças mentais no século passado e hoje é o mais antigo centro do tipo em atividade no país. A importância do hospital é tanta que a cidade leva o nome do seu fundador, o médico Francisco Franco da Rocha. Na década de 1970 a abrigar 16.000 pacientes. Atualmente, pouco mais de uma centena de pessoas moram no complexo.

Em 2014, para restaurar as antigas instalações, tombadas pelo patrimônio estadual, uma obra será realizada no local e ela contemplará vinte dos trinta edifícios que receberão a reforma. Além disso, muito tem sido feito, com bastante diálogo entre a administração municipal, estadual e federal para que parte do complexo possa receber uma instituição de ensino superior. Entre as opções está o Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia.

O hospital completou 116 anos de muita história e orgulho para toda à população franco-rochense e da região.